力文所发布 Pallatom2 技术报告：原子到原子建模设计蛋白质

自然演化塑造了丰富的蛋白质世界，而分子设计让我们有机会驶向自然尚未抵达的疆域。

我们在最新发布的技术报告中介绍Pallatom2:以Atom-to-Atom建模为引擎，将设计航线从长链蛋白、多结构域与对称组装，延伸至靶点识别和D型分子，打开更广阔的蛋白质宇宙。

这篇导读带你看四处关键坐标，完整的结构星图与实验航迹，都在技术报告里。

点击底部阅读原文，阅读完整 paper、公开序列与 BLI 图 →

原子引擎，跨越尺度

Pallatom2 以原子为语言，联合生成序列、主链与侧链。单链采样达到1,600 个残基，覆盖多结构域蛋白；对称组装扩展至 C10、总长 2,000 个残基。

在报告比较的九个靶点上，均取得最高计算筛选通过率。更广阔的结构星图，为多价识别、功能支架打开新的航道。

C3–C10 对称组装：从原子尺度驶向更大架构（Fig. 7）

实验着陆，十个靶点

210 个候选完成 BLI 检测，112 个有活性，阳性率为 53.3%；十个靶点均获得活性设计，六个达到皮摩尔级表观亲和力。

这些候选来自每靶点 728–2,400 次采样。在与 Claude 公开结果的六个共同靶点对比中，五个靶点的 KD 中位数更低，四个靶点的最低 KD 更低。从计算坐标到实测结合，原子级生成有了实验落点。

十个靶点的代表性预测复合物与 BLI 响应（Fig. 12c）

界面导航，开辟新航线

沿着已有识别界面，设计可以驶向新的序列空间。以 BC40 界面几何引导的 structural fast-follow，在六个 BCMA 设计中获得五个活性分子；它们与起点的序列同一性仅为 12.5%–37.3%，最优表观 KD 达 252.1 pM。

Partial diffusion 将 TNFα 起始设计的亲和力最高提升 7.57 倍。界面重塑还让一个无活性 nanobody 获得了 4.31 nM 和 5.93 nM 的两个活性变体。

这条以界面为坐标的航线，有望进一步连接抗体、环肽与 minibinder，让已验证的识别方式抵达不同的分子形式。

从无活性 nanobody 到低纳摩尔结合（Fig. 15a）

镜像星域，驶向 D 型

航程也延伸到了手性维度：Pallatom2 展示了 D 型 binder 的计算设计结果。将 AF3 预测的 L 型对应结构镜像后，与设计 D 型结构的主链 RMSD 为 0.65–0.95 Å。

手性由此成为设计空间中的另一维坐标。沿着这条镜像航线，有望设计出更多识别天然 L 型靶点的 D 型蛋白，开辟天然手性之外的功能分子空间。

AF3 预测、镜像与主链叠合：

四个 D 型设计的计算结构一致性（Fig. 10）

以原子为坐标，以实验为落点，Pallatom2 正将蛋白质设计的航线延伸至更广阔的分子宇宙。

我们已公开全部阳性设计序列（IL-7RA、BCMA 及抗体序列除外），并同步提供 BLI 图。

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Pallatom2: Navigating the De Novo Protein Universe with Atom-to-Atom Modeling

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